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Les Aflatoxines ont été les premières mycotoxines identifiées par les chercheurs, et sont aujourd'hui les plus connues. Cependant de nouvelles mycotoxines ont été découvertes plus récemment en Europe.
Elles sont produites par certaines espèces d'Aspergillus, et apparaissent sur de nombreux produits crus tels que les céréales, les fruits secs, les épices, les figues et les fruits séchés. Parmi la vingtaine d'aflatoxines recensées, quatre seulement se retrouvent dans les aliments (Aflatoxines B1, B2, G1, G2). En outre on peut trouver des dérivés des aflatoxines dans le lait et les produits laitiers (Aflatoxines M1 et M2). Ces dérivés sont produits par les ruminants nourris avec des denrées contaminées. Les Aflatoxines sont à l'origine de nombreuses pathologies dont le cancer du foie, l' hépatite chronique, la jaunisse et la cirrhose. Si les mycotoxines se révèlent toxiques lorsqu'elles sont ingérées en grande quantité, une longue exposition à de très faibles doses d'Aflatoxines peut également être source de risque pour la santé. Certaines Aflatoxines peuvent également être à l'origine de mutations génétiques dans les cellules et animales. En raison des contrôles et des procédés de fabrication dans les régions développées et tempérées, un empoisonnement grave aux Aflatoxines est très improbable. La teneur en Aflatoxines des produits crus est considérablement réduite par les divers procédés de nettoyage utilisés avant leur commercialisation. En outre, il existe aujourd'hui dans la plupart des pays des contrôles réguliers systématiques de la teneur en Aflatoxine des principaux produits primaires (céréales, fruits secs...). Le lait et la viande sont également très contrôlés. En revanche, certaines parties moins développées du monde, principalement en Afrique et en Asie, sont plus exposées aux risques d'empoisonnement par les aflatoxines. Mais les risques présents dans ces régions concernent les autres pays. En effet, les produits "à risque" sont l'objet d'importants échanges internationaux. Les risques liés à la présence d'Aflatoxine, comme des autres mycotoxines, concernent donc autant les pays importateurs que producteurs. C'est la raison pour laquelle des contrôles sont effectués sur les produits "à risques" importés à leur arrivée sur le territoire. De nombreux pays ont réglementé la teneur en Aflatoxines des produits à destination de l'alimentation humaine et animale. Parallèlement ont été parfois mis en place des systèmes de surveillance de la consommation d'Aflatoxines par la population afin de pouvoir réagir en cas de besoin. La Communauté européenne a également établi des limites maximales autorisées pour un grand nombre de nombre de produits alimentaires dont les fruits secs, les fruits séchés, les céréales, mais aussi pour le lait et les produits laitiers.
A l'heure actuelle, les projets européens se concentrent sur des mycotoxines moins bien connues, mais pourtant fréquentes en Europe. Il s'agit de l'Ochratoxine A, des Fumonisines, de la Zéaralénone (ZEA) et du déoxynivalénol (DON). On la trouve dans certaines régions tempérées (Europe Occidentale, Canada, certaines zones d'Amérique du Sud) où elle est produite par le Pénicillium vérrucosum, moisissure qui se développe fréquemment au cours du stockage des céréales. On la rencontre également dans les régions tropicales où elle est produite par une autre espèce de champignon, l'Aspergillus ochraceus. Les trois suivantes sont produites par certaines souches d'une même espèce: le Fusarium, qui se développe principalement sur les céréales. Il s'agit d'un groupe d'une quinzaine de mycotoxines qui apparaissent fréquemment sur le maïs, souvent en même temps que d'autres types de mycotoxines. Elles n'ont été identifiées que tardivement, au milieu des année 1980, bien que leurs effets, sur les chevaux notamment, soient connus depuis plus de 150 ans. Une des raisons qui explique leur découverte tardive est que les méthodes de détection et d'analyse élaborées jusqu'à présent avaient été conçues pour reconnaître la structure chimique des mycotoxines déjà identifiées. Or, cette structure chimique et la caractère hydrosoluble sont très différents chez les Fumonisines, lesquelles ne pouvaient donc pas être prises en compte par les procédés d'extraction et les détecteurs habituels. A poids équivalent, les Fumonisines sont bien moins toxiques que les Aflatoxines par exemple, mais elles sont souvent présentes en quantité bien plus élevée. Elle est produite par certaines espèces de Fusarium, pendant les saison fraîches et humides de croissance et de récolte des céréales. Ils représentent une grande famille de mycotoxines. Elle est souvent présente dans les céréales ou le maïs. Il s'agit d'un des 150 composants du groupe des trichotécènes. Il se forme presque toujours sur les plants avant la récolte. Sa formation dépend étroitement des conditions climatiques, et va donc varier d'une région à l'autre, voire d'une année à l'autre. Il s'agit d'une mycotoxine produite par les divers champignons appartenant aux genres pénicillium, aspergillus, paecilomyces et byssochlamys.
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