La fermentation malolactique succède donc, comme nous l'avons vu, à la fermentation alcoolique, dans un délai de deux mois. Cependant, ce phénomène est très difficile à contrôler. Afin de réellement exploiter tous les avantages que procure ce processus, il est donc indispensable de bien le gérer. Il est tout d'abord indispensable de comprendre les mécanismes de fonctionnement et d'adaptation des bactéries lactiques afin de pouvoir mettre au point des ferments malolactiques qui permettraient aux vignerons d'ensemencer directement leur vin. 

Pour pouvoir le faire, il faut donc rechercher des souches de bactéries performantes. Mais il faut également que le vinificateur gère et connaisse bien le milieu complexe qu'est le vin, afin de bien concilier les traitements analytiques et oenologiques, et d'inhiber les flores contaminantes qui agissent négativement sur le phénomène de fermentation malolactique. Ceci diminue alors les pertes dues à d'autres contaminations, à l'apparition d'arômes non désirés, ou de la piqûre lactique.

De plus, une bonne gestion de la fermentation malolactique permet un réel gain de temps, puisque le vin est stabilisé assez tôt, ce qui permet par la suite de mieux gérer le travail en cave.

Quelques exemples de la gestion du phénomène :

Le premier ferment malolactique à ensemencement direct du vin (Viniflora oenos) a été mis au point en 1993. Suite à cela, des ferments lyophilisés sont apparus. Source