Les protocoles d'immunisation contre certaines maladies sont maintenant au point. La méthode est toujours la même: il faut isoler le microorganisme responsable, le mettre en culture et l'atténuer avant d'inoculer une forme peu virulente chez les patients que l'on veut immuniser.

Dans le cas de la rage, le microorganisme responsable est un virus, trop petit pour être détecté avec les techniques de microscopie optique de l'époque. Pasteur va se consacrer à l'étude de cette maladie entre 1880 et 1885.

Partant du fait que la rage touche le système nerveux, Pasteur suppose que le microbe se trouve dans le cerveau et la moelle épinière des sujets malades. Inoculée dans le cerveau d'un sujet sain, la substance nerveuse d'un animal enragé (chien, lapin...) est effectivement capable de communiquer la maladie.

Pasteur utilise les moelles épinières de lapins rabiques comme de véritables cultures. Il les inocule de lapin à lapin pendant plusieurs générations afin d'obtenir un virus "fixe" (qui tue après la même durée d'incubation). La moelle épinière contenant ce virus "fixe" est placée dans un flacon contenant de la potasse

L'oxygène de l'air et la dessication atténuent d'autant plus le virus que la durée de ce traitement est longue. Le premier vaccin antirabique , réalisé à partir de virus atténué, est testé avec succès sur un jeune garçon, Joseph Meister, le 6 juillet 1885. La vaccination se révèle efficace à condition que les inoculations soient réalisées le plus vite possible après la contamination (morsure par un animal enragé). [31]