La flore microbienne de surface est constituée essentiellement de bactéries. On estime qu’à la surface d’un gruyère il y a 5.1013 bactéries vivantes. Le fait que le lait soit pastheurisé ou non n’influence pas ou peu le nombre élevé de bactéries de surface On les rencontre à la surface de divers types de pâtes telles que les pâtes molles à croûte fleuries ou croûte lavée, pâtes pressées à croûte emmorgée.
Les bactéries dominantes à la surfaces des fromages appartiennent à la famille des Miccrocaccaceae et au groupe des bactéries corynéformes.
Les miccrocaccaceae se divisent en 2 genres les Micrococcus ( fiche signalétique) et Staphylococcus. Elles sont dotées d’activités protéolytiques et lipolytiques et ont une certaine aptitude à la dégradation des acides aminés.
Brevibacterium linens (fiche signalétique) appartient au groupe des bactéries corynéformes, elle donne la couleur orangé de la croûte du munster par exemple ; ceci est du à ses pigments caroténoïdes. Elle est l’espèce la plus fréquente et la répandue des corynéformes. B linens joue un rôle important dans la synthèse des composés soufrés responsables des arômes typiques d'ail, de chou, de croupi, de houblon .