Typologie microbienne

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ü Les bactéries sont présentes dans le compost sont toutes organohétérotrophes. On y trouve notamment des pseumonadales, des hypomicrobiales et des eubactériales. Les genres les plus couramment rencontrés sont les pseudomonas, nitrosomonas, nitrobacter, azotobacter, rhizobium, E coli et corynebacterium. Elles sont toujours présentes en grande quantité dans le compost. Elles ont une forte activité si l’humidité est élevée et si le rapport C/N est bas. Elles ont un large spectre d’activité et une large gamme de pH surtout si le substrat est frais. Leur principale source de nourriture est constituée par les matières organiques du substrat et le gaz carbonique pour le carbone ainsi que les matières organiques azotées et l’azote minéral (ammoniac, nitrate, nitrite, azote gazeux).

ü Les champignons sont dominants si le rapport C/N est élevé et leur biomasse peut être supérieure à celle des bactéries dans ces milieux. Ils sont tous hétérotrophes à part quelques myxomycètes prédateurs de bactéries. On y trouve des siphomycètes dont la plupart sont des myxomycètes comme les myxococcus. On trouve aussi de manière moindre des pytium, des plasmopara et des phytophtora. Les septomycètes sont constitués de zygomycètes présents dans tous les milieux, d’ entomophtorales (parasites des insectes et des végétaux), d’ascomycètes, notamment des moisissures comme penicilium et aspergillus et de basidiomycètes (coprinus sur les composts).

ü Les actinomycètes attaquent les substances non dégradées par les bactéries et les champignons. Elles sont neutrophiles et peu compétitives par rapport aux autres bactéries. Elles peuvent tout de même se développer en milieu difficile en fin de maturation. Elles sont toutes hétérotrophes pour le carbone et le plus souvent pour l’azote (azote organique) même si certains mycobactérium sont fixateurs d’azote gazeux dans les lacunes. La famille d’actinomycète la plus répandue est la famille des streptomycètacées avec les germes streptomyces, micromonospora et de nombreux thermophiles tels que thermonospora et thermopolyspora.

ü Les protozoaires sont un groupe hétérogène d’unicellulaires mobiles se développant en milieu humide et gros consommateurs de bactéries. Certain sont autotrophes et possèdent des pigments chlorophylliens ; la plupart sont consommateurs de matière organique ou prédateurs de bactéries.

ü Les cyanophycées (algues bleu-vert) sont des procaryotes proches des bactéries dont l’abondance coïncide généralement avec une forte activité bactérienne. Elles sont fixatrices d’azote atmosphérique et aérobies.