Problèmes de
mutation bactérienne
Les déchets destinés au compostage sont susceptibles d’être contaminés par des microorganismes pathogènes parasites de l’homme, des animaux ou des plantes. Le processus de compostage effectué à des températures élevées, permet d’éliminer ces germes.
D’autres risques liés à des organismes indigènes au processus de compostage, comme les moisissures avec Aspergillus fumigatus, peuvent apparaître (développement à des températures moyennes de 35 à 50 degrés, tolérance à des températures élevées permettant une domination du milieu).
Capable de dégrader la cellulose, ce champignon microscopique est un puissant agent des maladies allergiques, semblables à celles qui sont provoquées par la manipulation du foin (le poumon fermier). Il provoque aussi des mycoses internes chez des personnes à immunité déficiente : c’est un parasite opportuniste.
Il se trouve dans les compostages en andain, où s’établit un gradient de température entre le cœur chaud (peu de moisissures) et la surface (10 millions de spores/gramme de matière sèche de compost dans cette couche blanche, du fait de la présence de mycélium).
Au cours de la maturation, le nombre de spores diminue et ne dépasse guère quelques milliers par gramme de compost mûr.
Le risque pathologique est important lors du retournement en andain où les spores peuvent être disséminées dans l’air.
Selon une étude réalisée par le Woods End Research Laboratory, le compostage aurait des répercussions négatives sur le monde végétal et animal. En effet leurs études montrent que certaines souches bactériennes pathogènes deviendraient résistantes aux températures élevées lors du compostage. La mutation dans le génome des bactéries leur permettrait de rester présentes dans le compost et de continuer à être virulentes.
Après isolation des bactéries et grâce à des méthodes phénotypiques, le laboratoire a mis en évidence que E. Coli, salmonelles et pseudomonas sont les souches qui ont une grande capacité à produire des mutants thermophiles. Après une étude plus fine, un grand nombre de bactéries ont été mis en évidence. On retrouve alors E. Coli, Serratia marcesens, Citrobactère freundii, Klebesiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas alcaligenes, Alcaligenes fecalis, Staphilococcus cohnii, Staphilococcus sciuri, Staphilococcus hominis, Enterococcus gallinarum, Bacillus thuringienses/cereus, bacillus sphaericus et Bacillus brevis. Certaines de ces bactéries sont impliquées dans des maladies phytopathogènes, d’autres présentent des effets par exemple sur les infections des mamelles des animaux.
Le manque d’application des nouvelles méthodes micro biologiques au compostage ne permet pas aujourd’hui de faire un diagnostique stable et fiable qui permettrait de réduire l’effet des souches pathogène sur l’environnement, les cultures et directement sur les animaux ou l’homme. L’objectif de ces études serait de pouvoir trouver une méthode simple pour identifier la flore bactérienne du compost et assurer la sécurité de tous.
Des expériences ont porté sur l’opportunité d’apporter des substrats de compostage et des microorganismes pour faciliter ou améliorer l’évolution du compost. On a aussi tenté d’apporter des substances susceptibles d’agir favorablement sur l’activité micro biologique du compost comme des sels minéraux, des enzymes et des hormones.
L’apport de champignons cellulolytiques a permis d’augmenter la vitesse de compostage des résidus végétaux carbonés et de baisser le rapport C/N final. Cela correspond à une meilleure dégradation carbonée. Les pertes carbonées et l’augmentation de la dégradation permettent une meilleure qualité fertilisante du produit final.
L’inoculation doit se faire dans ce cas à la fin de la phase de fermentation chaude (30 à 35°C).
Des essais d’inoculation d’azotobacter après la phase thermophile et de fertilisants phosphatés (phosphates de roches insolubles) ont également été pratiqués.
Malgré quelques résultats significatifs en laboratoire, l’inoculation de microorganismes en début de compostage et en vraie grandeur n’est jamais rentable et rarement utile. Des résultats plus significatifs ont été observés avec le réensemencement de substrat frais par du substrat ancien.